X
تبلیغات
رایتل

دانلود ریسرچ - دانلود پژوهش

جمعه 17 شهریور 1396 ساعت 08:52
مکزیک 22060000 هند 21060000 اوکراین 20961300 اندونزی 19377030 فرانسه 15500000 امریکای جنوبی 12500000 --------------------------------------------------- نکته مهم : هنگام انتقال متون از فایل ورد به داخل سایت بعضی از فرمول ها و اشکال (تصاویر) درج نمی شود یا به هم ریخته می شود یا به صورت کد نمایش داده می شود ولی در سایت می توانید …

  

پایان نامه - جدید

متن کامل پایان نامه را در سایت منبع fuka.ir می توانید ببینید

TOC \o “1-5” \h \z \u فصل اول PAGEREF _Toc399182422 \h 21-1 مقدمه PAGEREF _Toc399182423 \h 21-2 فرضیه‌ها PAGEREF _Toc399182424 \h 51-3 اهداف اصلی PAGEREF _Toc399182425 \h 5فصل دوم PAGEREF _Toc399182426 \h 72-1 تاریخچه PAGEREF _Toc399182427 \h 72-2 مشخصات گیاه‌شناسی PAGEREF _Toc399182428 \h 82-3 اهمیت و ارزش غذایی ذرت PAGEREF _Toc399182429 \h 92-4 پراکنش جغرافیایی و منشاء PAGEREF _Toc399182430 \h 102-5 سطح زیر کشت در جهان و ایران PAGEREF _Toc399182431 \h 102-6 گروهای هتروتیک PAGEREF _Toc399182432 \h 112-7 برنامه اصلاحی ذرت PAGEREF _Toc399182433 \h 122-8 تنوع ژنتیکی PAGEREF _Toc399182434 \h 122-9 انواع نشانگر PAGEREF _Toc399182435 \h 132-2-9 نشانگرهای ریخت‌شناسی PAGEREF _Toc399182436 \h 152-2-9 نشانگرهای مولکولی PAGEREF _Toc399182437 \h 162-9-2-1 نشانگرهای پروتئینی PAGEREF _Toc399182438 \h 172-9-2-2 نشانگرهای مولکولیDNA PAGEREF _Toc399182439 \h 182-9-2-2-1 نشانگرهای DNA مبتنی بر دورگ‌گیری PAGEREF _Toc399182440 \h 182-9-2-2-2 نشانگرهای مبتنی بر توالی‌یابی PAGEREF _Toc399182441 \h 182-9-2-2-3 نشانگرهای DNA مبتنی بر واکنش زنجیره‌ای پلیمراز PAGEREF _Toc399182442 \h 182-10 تخمین فاصله ژنتیکی PAGEREF _Toc399182443 \h 202-11 روش‌های آماری تجزیه تحلیل تنوع ژنتیکی PAGEREF _Toc399182444 \h 212-12 تجزیه خوشه‌ای PAGEREF _Toc399182445 \h 212-13 تجزیه به مختصات اصلی PAGEREF _Toc399182446 \h 232-14 نشانگرهای ISSR PAGEREF _Toc399182447 \h 232-14-1 نحوه عمل نشانگر ISSR PAGEREF _Toc399182448 \h 242-14-2 منشا تغییرات چندشکلی در نشانگر ISSR PAGEREF _Toc399182449 \h 282-14-3 روش تشخیص نشانگر ISSR PAGEREF _Toc399182450 \h 302-14-4 زمینه کاربرد نشانگر ISSR PAGEREF _Toc399182451 \h 302-14-4-1 انگشت‌نگاری ژنومی PAGEREF _Toc399182452 \h 302-14-4-2 نقشه‌یابی ژنوم PAGEREF _Toc399182453 \h 312-14-4-3 برچسب‌زنی ژن و گزینش به کمک نشانگر PAGEREF _Toc399182454 \h 312-14-4-4 تعیین تناوب موتیف SSR PAGEREF _Toc399182455 \h 323-14-4-5 مطالعات در مورد انشعاب جمعیت‌های طبیعی PAGEREF _Toc399182456 \h 332-15 مروری بر پژوهش‌های انجام شده PAGEREF _Toc399182457 \h 34فصل سوم PAGEREF _Toc399182458 \h 473-1 مواد گیاهی PAGEREF _Toc399182459 \h 473-2 مکان و زمان آزمایش PAGEREF _Toc399182460 \h 483-3 استخراج DNA ژنومی PAGEREF _Toc399182461 \h 493-3-3 ترکیبات بافر استخراج و ضرورت آنها PAGEREF _Toc399182462 \h 493-3-2 استخراج DNA PAGEREF _Toc399182463 \h 493-4 تعیین کیفیت و کمیت DNA PAGEREF _Toc399182464 \h 513-5 آغازگرهای مورد بررسی PAGEREF _Toc399182465 \h 523-6 واکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR) PAGEREF _Toc399182466 \h 533-6-1 چرخه‌‌ی حرارتی دستگاه ترموسایکر PAGEREF _Toc399182467 \h 543-6-2 مشاهده محصولات PCR PAGEREF _Toc399182468 \h 543-7 تجزیه و تحلیل داده‌های مولکولی PAGEREF _Toc399182469 \h 553-7-1 امتیازبندی باندها PAGEREF _Toc399182470 \h 553-7-3 شاخص محتوای چند شکلی PIC PAGEREF _Toc399182471 \h 563-7-4 ضریب کوفنتیک PAGEREF _Toc399182472 \h 563-7-5 تجزیه به مولفه‌های اصلی PAGEREF _Toc399182473 \h 56فصل چهارم PAGEREF _Toc399182474 \h 68نتایج و بحث PAGEREF _Toc399182475 \h 684-1 داده‌های مولکولی PAGEREF _Toc399182476 \h 684-1-1 استخراج DNA PAGEREF _Toc399182477 \h 684-1-2 واکنش زنجیره‌ای پلیمراز(PCR) PAGEREF _Toc399182478 \h 694-1-3 تجزیه خوشه‌ای PAGEREF _Toc399182479 \h 714-1-4 نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی PAGEREF _Toc399182480 \h 784-1-5 محتوای اطلاعات چند شکلی(PIC) PAGEREF _Toc399182481 \h 79فصل پنجم PAGEREF _Toc399182483 \h 745-1 نتیجه‌گیری PAGEREF _Toc399182484 \h 745-2 پشنهادات PAGEREF _Toc399182485 \h 75منابع PAGEREF _Toc399182486 \h 78
TOC \h \z \t “جدول,1” جدول 2-1 ترکیبات شیمیایی موجود در دانه ذرت PAGEREF _Toc399244614 \h 10جدول 2-2 ده کشور برتر تولیدکننده ذرت در جهان در سال 2012 PAGEREF _Toc399244616 \h 11جدول 2-3 مقایسه نشانگرهای مولکولی استفاده شده در اصلاح گیاهان PAGEREF _Toc399244617 \h 27جدول 2-4 اسامی مترادف ISSR و تغییرات آن PAGEREF _Toc399244619 \h 28جدول3-1 مشخصات لاین‌های‌خالص مورد استفاده PAGEREF _Toc399244621 \h 48جدول 3-2 ترکیبات بافر استخراج CTAB PAGEREF _Toc399244622 \h 51جدول3-3 مشخصات نشانگرهای مورد استفاده PAGEREF _Toc399244623 \h 52جدول 3-4 غلظت و ترکیب مواد استفاده شده در واکنش PCR PAGEREF _Toc399244624 \h 53جدول 3-5 چرخه‏های حرارتی واکنش زنجیره‏ای پلیمراز PAGEREF _Toc399244625 \h 54جدول 4-1 شرایط بهینه شده واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای هر نشانگر PAGEREF _Toc399244626 \h 70جدول4-2 میانگین درصد چندشکلی برای هر نشانگر PAGEREF _Toc399244627 \h 72جدول 4-3 ضرایب کوفنتیک دندروگرام‏های مختلف PAGEREF _Toc399244628 \h 73جدول 4-4 ترکیبات امید‌ بخش حاصل از اینبردلاین‌های مورد بررسی PAGEREF _Toc399244629 \h 75جدول4-5 فاصله ژنتیکی جمعیت اینبرد لاین براساس ضریب تشابه تطابق ساده PAGEREF _Toc399244630 \h 77جدول 4-6 میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی (PIC) برای هر نشانگر PAGEREF _Toc399244631 \h 80
TOC \h \z \t “شکل,1” شکل2-1 انواع نشانگر PAGEREF _Toc399142473 \h 15شکل 2-2ISSR-PCR ، نمایش اتصال پرایمر(AG)8 به DNA PAGEREF _Toc399142474 \h 26شکل 4-3 چندشکلی حاصل از تکثیر با نشانگرUBC-818 در تعدادی ازلاین‌های‌خالص ذرت، M: نشانگر مولکولی bp1000 PAGEREF _Toc399142475 \h 70شکل4-4 دندروگرام حاصل از ماتریس تشابه تطابق ساده و الگوریتم دورترین همسایه با نرم‌افزار NTSYS. لاین شماره یک و دو به ترتیب عبارتند از B73 و Mo17 PAGEREF _Toc399142476 \h 74شکل4-5 هیبرید سینگل کراس کارون 701(نگارنده) PAGEREF _Toc399142477 \h 75شکل4-6 هیبرید مبین (نگارنده) PAGEREF _Toc399142478 \h 76شکل 4-7 پلات تجزیه به مولفه‌های اصلی برای 29 اینبردلاین ذرت PAGEREF _Toc399142479 \h 79
TOC \h \z \t “پیوست‌ها,1″ پیوست1- محلول تریس اسید کلریدریک 2 مولار(pH=8،(Tris-HCl 2M PAGEREF _Toc399142642 \h 91پیوست2- محلول اتیلن دی آمین تترااستیک اسید 5/0 مولار(pH=8، EDTA 0/5M) PAGEREF _Toc399142643 \h 91پیوست3- محلول کلرید سدیم 4 مولار(NaCl 4M) PAGEREF _Toc399142644 \h 91پیوست4-بافر Tris-HCl-EDTA PAGEREF _Toc399142645 \h 91پیوست5- بافر TBE PAGEREF _Toc399142646 \h 92
فصل اولمقدمه و اهداف
1-1 مقدمهذرت بعلت داشتن هیدرات کربن زیاد و تولید علوفه بالا یکی از بهترین نباتات جهت مصرف در غذای انسان، علوفه جهت دام و مصارف صنعتی می‌باشد. این گیاه در مدت کوتاهی محصول تولید می‌کند. ذرت علوفه‌ای 4-3 ماه بعد از کاشت می‌تواند تا 90 تن در هکتار محصول بدهد. تاریخچه کشت ذرت در ایران زیاد نیست ولی در نتیجه توجه شایانی که به امر دامپروری و پرورش طیور در کشور به عمل آمده و همچنین نیاز فراوان کارخانجات صنعتی به فرآورده‌های این گیاه و تولید فرآورده‌های فرعی و متعددی که از ذرت بدست می‌آید باعث گردید که سطح زیر کشت این گیاه به سرعت افزایش پیدا کند. شرایط آب و هوایی مناسب بالاخص مناطق جنوبی که به احتمال زیاد مرکز اولیه کاشت این گیاه در ایران بود نیز توسعه کشت این محصول را در کشور رونق داد. اهمیت فوق‌العاده ذرت در تامین غذای دام، پرندگان، مصارف دارویی و صنعتی باعث گردید که در جهت بهبود تکنیک زراعت(به نژادی و به زراعی) آن در کشور اقدامات اساسی بعمل آید و این محصول بتواند پهنه آب و هوایی بیشتری از کشور را به خود اختصاص دهد)لطیفیان و محمدیان، 1389). ذرت از گیاهان زراعی مهم است که سطح وسیعی از اراضی قابل کشت را به خود اختصاص داده است(دهقان نیری و همکاران، 1384، کوتسیکا سوتیریو،1999 و کریمی، 1383). طبق آمار سال 1392 خوزستان بالای 35 درصد از ذرت کشور را تولید می‌کند که 90 درصد این غله در شهرهای شوش، دزفول، اندیمشک، بهبهان، شوشتر و اهواز تولید می‌شود(بی‌نام، 1392). خوزستان دومین استان تولیدکننده ذرت ‌دانه‌ای در کشور محسوب می‌شود(بی‌نام، 1392). انتظار می‌رود به منظور افزایش عملکرد ذرت در آینده نزدیک نیاز به برنامه کارآمدی جهت تثبیت ژرم پلاسم، به منظور بهره‌برداری از هتروزیس بالقوه از این ژرم پلاسم‌ها را داشته باشیم(امیرتیموری و چیذری، 1387). تولید محصول بیشتر این گیاه به علت ذرت هیبریدی است که نسبت به ذرت معمولی قریب 25-20 درصد عملکرد بیشتری دارد(داراح و زبر، 1985،کریمی، 1383 و هالوار و همکاران،2000).
در طی برنامه اصلاحی شناسایی میزان تنوع بین لاین‌های‌خالص بسیار با اهمیت است، چرا که هیبرید‌های خوب از تلاقی لاین‌های‌خالص دورتر از نظر ژنتیکی به دست می‌آیند علاوه بر این بررسی تنوع ژنتیکی در بهبود کیفیت محصولات، مدیریت منابع کشاورزی و ارزیابی بخش امرورزی ذرت اصلاحی بسیار با اهمیت است(سینور و همکاران، 1998و موسی‌آبادی و همکاران، 1389). وسعت و محدوده تنوع ژنتیکی در ژرم‌پلاسم می‌تواند از طریق خصوصیات مورفولوژیکی و نشانگرهای ژنتیکی بررسی گردد. سپس نشانگر مشخص شده به اصلاح‌کنندگان گیاهان کمک خواهد کرد تا رقم مناسبی برای برنامه‌های هیبریداسیون و دورگه‌گیری انتخاب کنند(رضوی‌زاده و احسان‌پور، 1391). همچنین اساس انتخاب در اصلاح نباتات تنوع است. استفاده از صفات مورفولوژیک و گروه‌بند‌ی ژنوتیپ‌های موجودر در ژرم‌پلاسم‌ها بر اساس این صفات و اخیرا نشانگرهای مولکولی DNA به عنوان ابزاری امید بخش در گروه‌بندی لاین‌ها مطرح می‌باشد. تا رقم‌های مناسبی برای برنامه‌های هیبریداسیون و دورگه گیری انتخاب شود. علاوه بر این افزایش تولید با استفاده بهینه از منابع ژنتیکی و تنوع موجود در آن ممکن است. در این راستا به منظور رسیدن به هدف مزبور روش‌های کلاسیک به تنهایی کافی نیست و یا بسیار زمان بر خواهد بود. امروزه با معرفی و کاربرد وسیع نشانگرهای مولکولی آنها را به عنوان مکملی برای مطالعات تنوع از طریق صفات ظاهری موجودات قرار داده است. استفاده از نشانگرهای مولکولی موجب تسریع در پروژ اصلاحی شده و موجب افزایش محصول زراعی و دامی می‌شود(دهقان‌نیری و همکاران، 1384). از طرفی کاهش تنوع ژنتیکی موجب آسیب پذیری شدید محصولات زراعی در برابر تنش‌های محیطی، آفات و بیماری و در نتیجه کاهش عملکرد می‌گردد(عثمانی و سی‌سه مرده، 1388). ویژگی‌های روشن بدست آمده از تنوع ژنتیکی لاین‌های‌خالص با خواستگاه‌های مختلف در ترکیب هیبرید و توسعه اینبردهای جدید موثر می‌باشد(ایکسا و همکاران، 2005).
سه روش عمده در تعیین تنوع ژنتیکی در ژرم‌پلاسم ذرت وجود دارد. که شامل سوابق شجره نامه، صفات مورفولوژیکی و نشانگرهای مولکولی است(کومار و هیروچیکا، 2001). گروه‌بندی بر اساس سوابق شجره‌ای به دلیل نداشتن اطلاعات کافی و یا ناقص بودن آنها امکان پذیر نیست و همچنین گروه‌بندی بر اساس صفات مورفولوژیکی به علت تاثیر محیط بر صفات زراعی کاری مشکل است. امروزه به وفور از نشانگرهای مولکولی به عنوان ابزای ارزشمند در گروه‌بندی لاین‌ها استفاده می‌شود(موسی‌آبادی و همکاران، 1389). نشانگرهای مولکولی خصوصاً در آشکار نمودن تنوع ژنتیکی گیاهان خویشاوند وقتی نشانگرهای فنوتیپی قادر به تشخیص آن نیستند، مفید می‏باشند. نشانگرهای DNA نسبت به نشانگرهای مورفولوژیکی کاراتر و قابل اعتمادتر بوده، از نظر تعداد نامحدود و معمولاً کمتر تحت تأثیر محیط قرار می‏گیرد. اساس این دسته از نشانگرها تجزیه و تحلیل مستقیم DNA می‏باشد. اصول و کاربرد نشانگرهای DNA تقریباً همانند سایر نشانگرهای ژنتیکی مانند نشانگرهای مورفولوژیک و پروتئینی است. در مدت یک دهه نشانگرهای DNA، تکامل قابل توجهی پیدا کردند به‏ طوری که انواع مختلف نشانگرهای DNA با تفاوت‏های زیادی از نظر تکنیکی و روش تولید، نحوه کاربرد، امتیازبندی و تفسیر نتایج ابداع و معرفی گردیدند. بدون تردید، کشف واکنش زنجیره‏ای پلیمراز PCR بیشترین نقش را در توسعه و تکامل نشانگرهای DNA داشته است(نقوی و قره‌ریاضی، 1388).
تکنولوژی نشانگر مولکولی نقش حیاتی در زیست شناسی گیاهی، از جمله انگشت نگاری DNA، نقشه برداری ژنتیکی، روابط فیلوژنتیک و اصلاح مولکولی دارد. تکنولوژی‌های متعدد نشانگری مبتنی بر DNA برای شناسایی چندشکلی‌ها و سنجش زیر مجموعه‌ای از مقدار کل DNA ژنومی توسعه یافته است(کومار و هیروچیکا، 2001). درسال 1994 میلادی نشانگر‏های مولکولی جدید به ‏نام ISSR مطرح شدند(زیتکی‌ویز و رافالسکی، 1994). که این نشانگر‏ها از جمله نشانگر‏های مبتنی ‏بر PCR می‏باشند. نشانگر ISSR یکی از تکنیک‌های ساده و سریع برای تشخیص چندشکلی در نواحی بین دو ریز ماهواره هستند. این نشانگر تکرارپذیر با چندشکلی بالا و قابل اطمینان بوده و روشی بسیار کارآمد برای ارزیابی تنوع ژنتیکی و شباهت درون و بین‌گونه‌ای است(حق‌پناه و همکاران، 1390).
در این پژوهش به منظور بررسی تنوع ژنتیکی 27 اینبردلاین‌های ذرت خوزستان از 15 نشانگر ISSR استفاده گردید.
1-2 فرضیه‌هاتنوع ژنتیکی در میان لاین‌‌ها‌خالص مورد مطالعه وجود دارد.نشانگر مولکولی ISSR از دقت مناسبی برای تشخیص این تنوع برخوردار است.
1-3 اهداف اصلیمطالعه تنوع ژنتیکی لاین‌های‌خاص تولید شده در مرکز تحقیقات صفی آباد خوزستان.
پیش‌بینی بهترین ترکیبات هیبریدی
مدیریت بهتر ژرم‌پلاسم
تعیین گروهای هتروتیکفصل دوممروری بر منابع
2-1 تاریخچهگیاه ذرت با نام علمی Zea mays L.نام لاتین Yellow Corn و نام فارسی بلال از خانواده گندمیان(گرامینه) می‌باشد. این گیاه از مهمترین غلات نواحی گرمسیری و نیمه گرمسیری است که عملکرد آن در مناطق معتدل بیشتر می‌باشد(پیری‌کشتیبان و همکاران، 1390). آمریکایی‌ها اولین استفاده‌کنندگان از ذرت بودند. ذرت تا قبل از سال ۱۴۹۲ میلادی(سال کشف آمریکا) در قاره آسیا، اروپا و آفریقا بعنوان یک گیاه زراعی شناخته شده نبود. اما این گیاه را از قرن‌ها قبل در آمریکا مرکزی می‌شناختند و توسط مردم سرخ پوست آمریکا کشت می‌شد و به همین سبب نام لاتین آن از یکی از طوایف سرخ پوست بنام Marisi Mahig گرفته شده است. کریستف کلمب کاشف آمریکا برای اولین بار دانه ذرت را از آمریکا به اروپا برد و نامMais را به آن داد. سپس طی سالیان دراز بذر ذرت از طریق کشور پرتقال به آفریقا و جنوب اروپا تا هندوستان و چین برده شد طبق شواهد مختلف و متعدد چنین به نظر می‌رسد که کشت و کار ذرت قرن‌ها قبل توسط بومیان این مناطق نیز رواج داشته و آنها در اصلاح آن سهم زیادی داشته اند و حتی ارقامی از آن تهیه کرده‌ بودند. ذرتی که مورد توجه خاص سفید پوستان قرار گرفته ‌است ذرت دندان اسبی بوده که دارای قدرت تطابق پذیری بیشتری با شرایط مختلف آب و هوایی است. وارد شدن ذرت به ایران در سال 1921 شمسی توسط پرتغالی‌ها صورت گرفت و از آن به بعد بعنوان یک زراعت فرعی در حاشیه مزارع و باغات صیفی کشت می‌گردید. در ایران ذرت از سه دهه پیش رفته رفته جای خود را باز کرد و در سال 1353 جزء طرح‌های افزایش تولید جای داده شد(کریمی، 1383).
2-2 مشخصات گیاه‌شناسیاز نظر گیاه‌شناسی ذزت متعلق به تیره گرامینه و جنس Zea و گونه‌ی mays می‌باشد. ذرت‌(Zea mays L.) گیاهی یک ساله، دیپلوئید(2n=20)، متعلق به خانواده گندمیان و تک لپه است(پیری‌کشتیبان و همکاران، 1390). ذرت گیاهی است یک پایه بدین معنی که گلهای نر و ماده جدا از هم ولی بر روی یک پایه قرار دارند. این گیاه دارای ساقه استوانه‌ای می‌باشد که در مقطع عرضی بیضوی است. ارتفاع ساقه بسیار متغیر و بسته به شرایط اقلیمی به 8 متر هم می‌رسد. ولی بطور معمول ساقه ذرت 3-5/1 مـــــتر طول دارد. برگهای ذرت شبیه سایر غلات شامل پهنک برگ و غلاف است. تعداد برگهای ذرت بطور متوسط بین 12 تا 18 عدد است. واریته‌های زودرس تعداد برگ کمتر و ارقام دیررس برگ بیشتری دارند. ذرت دارای ریشه‌های قوی و انبوه ولی سطحی است. همانطور که اشاره شد ذرت گیاهی است یک پایه و در نتیجه بعلت جدا بودن اعضاء زایشی گرده‌افشانی آن بطور غیر مستقیم و بیشتر بوسیله باد صورت می‌گیرد و باد می‌تواند گرده‌ها را تا چندین کیلومتر منتقل نماید. تحت شرایط عادی مدت 24 ساعت زمان لازم است تا عمل باروری یک بلال بطور کامل صورت گیرد(کریمی، 1383). خاک مناسب کشت ذرت خاک‌های لومی شنی و لومی رسی می‌باشد(بی‌نام، 1392). ذرت از لحاظ فتوسنتزی گیاهی چهار کربنه است. همچنین گیاهی است که عملکرد دانه آن در عرض جغرافیایی بالاتر از از خواستگاه خویش زیادتر است(پیری‌کشتیبان، و همکاران، 1390). رنگ زرد ذرت مربوط به موادی به نام زئین و زیازانتین می‌باشد. اشکال بسیاری از ذرت به عنوان غذا استفاده می‌شود، گاهی اوقات دسته‌بندی‌های مختلف نسبت به مقدار نشاسته انجام می‌شود((کریمی، 1383).
ذرت آردی (Zea mays var. amyalcea)
ذرت پاپ کورن (Zea mays var. everta)
ذرت دندان اسبی (Zea mays var. indentata)
ذرت بلوری (Zea mays var. indurata)
ذرت شیرین (Zea mays var. saccharata)
ذرت مومی (Zea mays var. ceratina)
ذرت غلاف دار (Zea mays ver. tunicate)
ذرت راه راه (Zea mays var. japonica)
2-3 اهمیت و ارزش غذایی ذرتدانه بدون آب ذرت حاوی 77 درصد نشاسته، 2 درصد قند، 9 درصد پروتئین، 5 درصد چربی، 5 درصد پنتوزان و 2 درصد خاکستر است. حداکثر میزان پروتئین آن ممکن است به 15 درصد و حداقل آن به 6 درصد برسد. قریب به 80 درصد پروتئین دانه ذرت در آندوسپرم می‌باشد. ذرت در بین غلات به استثنای یولاف، بیش از همه حاوی چربی می‌باشد که در بعضی موارد چربی آن به 7 درصد می‌رسد. ذرت حاوی ویتامین A و تیامین می‌باشد که بیشتر در جنین دخیره است. علاوه بر این ریبو فلاوین ذرت بیشتر از گندم و برنج است (کریمی، همکاران،1383).
ذرت علوفه‌ای‌، علوفه بسیار خوشخوراکی جهت تغذیه گاو و گوسفند است و شرایط مکانیزاسیون را به خوبی می‌پذیرد. علوفه این نوع ذرت غنی از مواد گلوسیدی و انرژی‌زا و فقیر از پروتئین است به همین دلیل این نوع علوفه را باید همراه با علوفه‌هایی که غنی از پروتئین هستند، بطور مخلوط در جیره غذایی دام وارد نمود. در ضمن ذرت فوق العاده سهل‌الهضم بوده و سیلوی آن برای دام‌های پرواری عالیترین غذا است(کریمی، 1383).
طبق تعریف موسسه استاندارد، دانه ذرت یکی از انواع دانه‌های غلات است که بواسطه‌ی فراوانی نشاسته در آن ارزش غذایی نسبتا زیادی دارد(جدول2-1) و از این رو در جیره خوراکی دام و طیور و آبزیان بعنوان ماده اولیه انرژی‌زا به مقدار زیاد مورد استفاده قرار می‌گیرد(بی‌نام، 1382).
جدول 2-1 ترکیبات شیمیایی موجود در دانه ذرتمقدار ویژگی مقدار ویژگی
رطوبت حداکثر 14 درصد وزنی انرژی متابولیسمی(طیور) حداقل 3300 کیلوکالری در کیلوگرم
پروتئین حداقل 8 درصد وزنی مجموع مواد غذایی قابل هضم 80 درصد وزنی
چربی حداقل 5/3 درصد وزنی انرژی خالص تولید شیر 960/1 مگاکالری در کیلوگرم
نشاسته 72 درصد انرژی خالص تولید گوشت 730/1 مگاکالری در کیلوگرم
خاکسترکل حداکثر 5/1 درصد وزنی اسیدامینه لیزین 23/0درصد
کلسیم حداکثر03/0درصد وزنی متیونین 18/0 درصد
فسفر حداقل29/0 درصد وزنی سیستئین 25/0 درصد
(بی‌نام، 1392)2-4 پراکنش جغرافیایی و منشاءگیاه ذرت، تنها غله‌ای است که خواستگاه آن کشور مکزیک و گواتمالا بوده و در آنجا تکامل یافته است. با این که مکزیک مرکز اولیه تنوع ذرت است اما چین مرکز ثاتویه انواع ذرت مومی می‌باشد. کشو‌ر‌های واردکننده ذرت به ایران شامل برزیل، آژانتین، آمریکا، اکراین، کانادا، هند، آفریقای جنوبی و روسیه می‌باشند(بی‌نام، 1392). این گیاه اولین بار توسط کاشفان اسپانیایی از مکزیک به مدیترانه آورده شده‌اند(کامرتاپی و همکاران، 2012). در ایران نیز قطب عمده تولید ذرت استان‌های فارس، خوزستان، کرمانشاه، و کرمان می‌باشد(بی‌نام،1391).
2-5 سطح زیر کشت در جهان و ایرانذرت پر محصول ترین غله دنیا به حساب می‌آید. در سطح جهانی ایالات متحده(45 درصد) با فاصله بسیار زیادی با سایر تولید کنندگان در رتبه نخست تولید جهانی ذرت قرار دارد(جدول2-2) (بی‌نام، 1391). طبق آمار سال 1392 خوزستان بالای 35 درصد از ذرت کشور را تولید می‌کند که 90 درصد این غله در شهرهای شوش، دزفول، اندیمشک، بهبهان، شوشتر و اهواز تولید می‌شود. خوزستان اولین استان تولیدکننده ذرت‌دانه‌ای در کشور محسوب می‌شود(بی‌نام، 1391).
جدول 2-2 ده کشور برتر تولیدکننده ذرت در جهان در سال 2012 ADDIN EN.CITE <EndNote><Cite><Author>http://fa.wikipedia.org</Author><RecNum>336</RecNum><record><rec-number>336</rec-number><foreign-keys><key app=”EN” db-id=”2x2ax9xfzsepa0ez9as5vfs8f0vrxx2wzwaw”>336</key></foreign-keys><ref-type name=”Journal Article”>17</ref-type><contributors><authors><author>http://fa.wikipedia.org</author></authors></contributors><titles></titles><dates></dates><urls></urls></record></Cite></EndNote>
کشورتن
ایالات متحده 273832130
چین 208258000
برزیل 71296478
آژانتین 25700000
مکزیک 22060000
هند 21060000
اوکراین 20961300
اندونزی 19377030
--------------------------------------------------- نکته مهم : هنگام انتقال متون از فایل ورد به داخل سایت بعضی از فرمول ها و اشکال (تصاویر) درج نمی شود یا به هم ریخته می شود یا به صورت کد نمایش داده می شود ولی در سایت می توانید فایل اصلی را با فرمت ورد به صورت کاملا خوانا خریداری کنید: سایت مرجع پایان نامه ها (خرید و دانلود با امکان دانلود رایگان نمونه ها) : elmyar.net --------------------------------------------------- فرانسه 15500000
امریکای جنوبی 12500000
جهانی 690668292
(فائو، 2013)
2-6 گروهای هتروتیکیکی از اولین مقالات در زمینه اصلاح و تولید الگو‌های هتروتیک در سال 1922 انتشار یافت. مفهوم گروه‌های هتروتیک برای اولین بار توسط محققان ذرت وضع شد. یک گروه‌ هتروتیک را می‌توان مجموعه‌ای از ژنوتیپ‌های‌ مرتبط یا غیر‌مرتبط به هم از یک جامعه یا جوامع مختلف تعریف کرد که وقتی با ژنوتیپ‌های سایر ژرم‌پلاسم‌ها تلاقی‌ داده شوند، قابلیت ترکیپ پذیری مشابهی را به نمایش می‌گذارند. از طرف دیگر یک الگوی هتروتیک، یک جفت گروه‌‌ هتروتیک خاص از جمعیت‌ها یا لاین‌هایی هستند که در جریان آمیزش‌هایشان، هتروزیس بالا و در نتیجه عملکرد هیبرید زیادی نشان می‌دهند. علم و آگاهی از گروه‌ها و الگو‌های هتروتیک، در بهنژادی مسئله‌ای مهم است ADDIN EN.CITE <EndNote><Cite><Author>فیروزآبادی</Author><Year>1389</Year><RecNum>211</RecNum><record><rec-number>211</rec-number><foreign-keys><key app=”EN” db-id=”2x2ax9xfzsepa0ez9as5vfs8f0vrxx2wzwaw”>211</key></foreign-keys><ref-type name=”Journal Article”>17</ref-type><contributors><authors><author><style face=”normal” font=”default” charset=”178″ size=”100%”>نظریان فیروزآبادی</style></author></authors></contributors><titles><title><style face=”normal” font=”default” charset=”178″ size=”100%”>اصول ژنتیک گیاهی و اصلاح نباتات</style></title><secondary-title><style face=”normal” font=”default” charset=”178″ size=”100%”>کتاب</style></secondary-title></titles><periodical><full-title>کتاب</full-title></periodical><pages><style face=”normal” font=”default” charset=”178″ size=”100%”>522-526</style></pages><dates><year><style face=”normal” font=”default” charset=”178″ size=”100%”>1389</style></year></dates><urls></urls></record></Cite></EndNote>(آکوا، 1389). ثابت شده که برنامه انتخاب مکرر در بهبود گروه هتروتیک برای بهره‌برداری هدفمند از هتروزیس و تفاوت‌های بین گروه‌های هتروتیک موثر است(ایکسا و همکاران، 2005). بهنژادگران می‌توانند برای ایجاد گروه‌ها و الگوه‌های هتروتیک، از آنالیز شجره، بررسی جغرافیایی، اندازه‌گیری هتروزیس و تجزیه قابلیت ترکیب‌پذیری استفاده کنند. علاوه براین برخی از آنها برای کسب اطلاعات مقدماتی در خصوص الگوهای هتروتیک در جوامع کوچک، از روش دی‌الل استفاده می‌کنند. همچنین می‌توان از فناوری نشانگرهای مولکولی در این جهت بهره جست(آکوا، 1389).
2-7 برنامه اصلاحی ذرتاز جمله اهداف مهم اصلاح نباتات، اصلاح ترکیبات یا بهبود کیفیت غذایی و تغذیه‌ای برخی صفات به منظور رفع نیاز‌ها می‌باشد. واریته‌هایی با میزان پروتئین بالا(ذرت با میزان لیزین بالا یا ذرت با کیفیت پروتئین بالا)، در نقاط مختلف دنیا تولید شده‌اند. آغاز برنامه اصلاحی ذرت در ایران در سال 1349، جهت ایجاد هیبریدهای پر محصول شروع شد و بدین ترتیب هیریدهای مختلفی از منابع شناخته شده، ناشناخته و بدون شجره مشخص تولید گردید. اطلاع از تنوع ژنتیکی و روابط بین مواد برگزیده اصلاحی دارای اهمیت اساسی در اصلاح نباتات است. در برنامه اصلاح ذرت هیبرید، کارایی روش‌های مورد استفاده برای شناسایی لاین‌هایی که بایستی به عنوان والدین هیبرید پر محصول تلاقی داده شوند، موفقیت برنامه را به شدت تحت تاثیر قرار می‌دهند. اخیرا استفاده از نشانگر مولکولی DNA به عنوان ابزاری امید بخش در گروه‌بندی لاین‌ها مطرح می‌باشد(چوکان و همکاران، 1384).
2-8 تنوع ژنتیکیژنوم‌های مختلف، پاسخ متفاوتی را به تغییرات محیطی نشان می‌دهند. برخی از ‌آنها دارای عملکرد متوسط(پایدار) در هر دو شرایط محیطی مساعد و نامساعد هستند. در حالی که، برخی دیگر از عملکرد بسیار بالا در محیط مساعد و عملکرد پایین(کمتر از متوسط) در محیط نامساعد(حاشیه‌ای) برخوردار می‌باشند. موضوع تنوع ژنتیکی در اصلاح نباتات فوق العاده اهمیت دارد. تنوع ژنتیکی را می‌توان در سطح مولکولی و همچنین در شکل ظاهری گیاه، تشخیص داد. ابزارهای بیوتکنولوژی موجود(نشانگرهای DNA)، بهنژاد‌گران را در بررسی تنوع ژنتیکی در سطح مولکولی کمک می‌کنند. تنوع را می‌توان در تعدادی از صفات، به شکل تنوع قابل مشاهده در صفات ظاهری(مثل ارتفاع بوته، رنگ و اندازه گیاه) مشاهده کرد(آکوا و همکاران، 1389).
یکی از پایه‌های اساسی در اصلاح نباتات، دسترسی و آگاهی از میزان تنوع در مجموعه‌های ژنتیک و مراحل مختلف پروژه‌های اصلاحی است. درک و مدیریت تنوع طبیعی موجود در داخل ارقام اهلی و خویشاوندان وحشی گونه‌های گیاهی نقش مهمی را در ایجاد برنامه‌های هدفدار برای بهبود محصولات زراعی دارند. از نشانگرهای DNA برای تعیین میزان تنوع ژنتیکی و تعیین ارتباطات فنتیکی در گونه‌های مختلف استفاده می‌شود. اطلاعات مربوط به تنوع ژنتیکی برای اتنخاب نژادهای والدینی و همچنین پیشگویی عملکرد دورگ‌ها به ویژه در گیاهانی مانند برنج و ذرت که دورگ‌های تجاریی دارند، مفید است(چوکان و همکاران، 1384). تنوع ژنتیکی یک صفت معین میزان پراکنش ارزش‌های صفت مد نظر بعد از حذف اثر محیط است. تعیین تنوع ژنتیکی در مواد گیاهی گام اولیه برای شناسایی، حفظ و نگهداری ذخایر توارثی و نیز پایه اساسی و اولیه برای تحقیقات ژنتیکی و برنامه‌های اصلاحی می‌باشد. تنوع گیاهی به مرور زمان در اثر تفاوت در اقلیم، جغرافیا، مرزهای زمینی و ارتفاع ایجاد شده است. انسان نیز با جابه‌جایی بذور گیاهان و کاشت آن ها در محیطی جدید و انتخاب گیاهان با خصوصیات ویژه، باعث ایجاد تفاوت بین گیاهان و اجداد مادریشان شده است. چنان که اشاره شد تنوع ژنتیکی در اصلاح‌ نباتات خیلی مهم است. تنوع اساس کارهای اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی و در حقیقت ماده خام ضروری برای آن است(ارزانی، 1381).
تنوع و انتخاب دو رکن اصلی هر برنامه اصلاحی بوده و انجام انتخاب منوط به وجود تنوع مطلوب از حیث هدف مورد بررسی می‌باشد. برای بهره‌مندی از تنوع موجود و ایجاد تغییرات جدید، ارزیابی ذخایر ژرم‌پلاسم ضروری به نظر می‌رسد ADDIN EN.CITE <EndNote><Cite><Author>Gupta</Author><Year>1999</Year><RecNum>251</RecNum><record><rec-number>251</rec-number><foreign-keys><key app=”EN” db-id=”2x2ax9xfzsepa0ez9as5vfs8f0vrxx2wzwaw”>251</key></foreign-keys><ref-type name=”Journal Article”>17</ref-type><contributors><authors><author>Gupta, PK</author><author>Varshney, Rajeev K</author><author>Sharma, PC</author><author>Ramesh, B</author></authors></contributors><titles><title>Molecular markers and their applications in wheat breeding</title><secondary-title>Plant breeding</secondary-title></titles><periodical><full-title>Plant breeding</full-title></periodical><pages>369-390</pages><volume>118</volume><number>5</number><dates><year>1999</year></dates><publisher>Wiley Online Library</publisher><isbn>1439-0523</isbn><urls></urls></record></Cite></EndNote>(گوپتاو همکاران، 1999).
امروزه با پیدایش و توسعه تکنیک نشانگرهای مولکولی بر پایه DNA، مطالعه تنوع بر روی گیاهان آسان‌ترشده است. این نشانگرها ابزار قدرتمندی برای تشخیص ژنوتیپ‏ها و تخمین تنوع ژنتیکی آن ها محسوب می‏شوند(مورف و همکاران،1994 و پاندیان و همکاران،2000).
2-9 انواع نشانگرنشانگرهای مولکولی در واقع نشانه‌های روی کروموزم‌ها هستند که در هنگام ایجاد یک نقشه ژنتیکی، به عنوان نقاط مرجع برای شناسایی مکان سایر ژن‌های مورد نظر به کار می‌روند. نشانگرهای ژنتیکی را می‌توان هم در سطح مورفولوژیکی و هم در سطح مولکولی یا سلولی به دو گروه عمومی طبقه‌بندی کرد. نشانگرهای مورفولوژیکی، به عنوان اثر متقابل ژن‌ها و محیط در بیرون از موجود زنده قابل تشخیص هستند. از طرف دیگر، نشانگرهای مولکولی در سطح کوچک‌تر از سلول، شناسایی می‌شوند و می‌توان آن‌ها را در جریان چرخه زندگی یک موجود و قبل از رسیدن به بلوغ سنجید. نشانگرهای مولکولی را باید ضرورا با روش‌های شمیایی اندازه‌گیری کرد. این نشانگر‌ها به دو نوع نشانگرهای پروتئینی و نشانگرهای DNA تقسیم می‌شوند(آکوا، 1389). هر چه تکرارپذیری یک نشانگر کمتر باشد تشخیص تنوع ژنتیکی حقیقی با استفاده از آن نشانگر کمتر خواهد بود. نشانگرهای مورفولوژیک بدلیل اینکه تحت تأثیر شرایط محیطی قرار می‌گیرد و همچنین به دلیل کم بودن تعداد آنها قادر به بررسی تنوع ژنتیکی حقیقی به طور معنی‌دار نخواهند بود. در مقابل نشانگرهای مولکولی تحت ثأثیر شرایط محیطی قرار نمی‌گیرند و پوشش ژنومی مناسبی را ایجاد می‌کنند. بنابراین این نشانگرها قادرند نقاط چند شکلی را با اطمینان بالاتری در اختیار قرار دهند و به عبارت دیگر تنوع حقیقی بیشتری را نشان خواهند داد(نقوی و قره‌ریاضی، 1388 ).
508127012255500318135063500 مورفولوژیکیآیزوزایم‌ها
407225511493500 بیوشیمیایی
190881034163000نشانگر پروتئین‌ها
RFLP
341376013462000 مولکولی غیر مبتنی برPCR Minisatellite (مبتنی بر هیبریداسیون) RLGS
5022854699000 دی‌ان‌ایRAPD
23069558699500نشانگر تصادفیDAF
(Arbitrarilyb primed PCR) AP-PCR
4572009080500 مبتنی بر PCR
نشانگر اختصاصی یا نشانمند از توالیISSR
Sequence tagged Sites SSR
AFP
SSCP
S-SAP
AFLP
SNP
SAMPL
شکل2-1 انواع نشانگر(نقوی و قره‌ریاضی،1388)2-2-9 نشانگرهای ریخت‌شناسینشانگرهای ریخت‌شناسی اولین نشانگرهایی بودند که برای ارزیابی تنوع ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفتند این نشانگرها در واقع نتیجه جهش‌های قابل رویت در ریخت ظاهری موجود هستند. ودر صورتی می‌توانند به عنوان نشانگر ژنتیکی مورد استفاده قرار گیرند که بیان آنها در طیف وسیعی از محیط‌های مختلف تکرارپذیر باشد. اگه چه تنوع ریخت‌شانسی به راحتی قابل مشاهده بوده و کمک زیادی به تحقیقات پایه‌ای می‌کند، ولی به دلیل کم بودن تعداد آنها، وابسته بودن آنها به سن و مرحله رشدی گیاه و وابسته بودن آنها به محیط، استفاده از آنها با محدودیت زیادی همراه است. همچنین عواملی نظیر اثرات غالبیت، اپیستازی و پلیوتروپی بروز این تنوع را تحت تاثیر قرار می‌دهند و استفاده از آن را مشکل می‌سازد. به همین خاطر دستیابی به نشانگرهای کاراتر توجه بیشتر محققین را به خود جلب کرده است(نقوی و قره‌ریاضی،1388). امروزه به خوبی مشخص شده است که استفاده از نشانگرهای تکمیلی مانند نشانگرهای مولکولی و سیتوژنتیکی در کنار نشانگرهای ریخت‌شناسی ارزیابی بسیار جامع‌تر و دقیق‌تری از تنوع گیاهی را به دست می‌دهد(کومار و هیروچیکا، 2001).
2-2-9 نشانگرهای مولکولینشانگرهای مولکولی از ابزارهای بسیار مهمی برای مدیریت نمونه‌های ژرم‌پلاسم در بانک ژن، ارزیابی روابط خویشاوندی ژنتیکی، انتخاب گیاهان برتر و بررسی شباهت یا تفاوت بین نمونه‌های مختلف می‌باشد، که برای دستیابی به این اهداف از نشانگرهای مولکولی متعددی استفاده می‌شود(پورساربانی و همکاران، 1384). نشانگرهای مولکولی دارای مزایای متعددی است. این مزایا شامل، صرفه جویی در زمان، استفاده از فضایی آزمایشگاه و قابلیت اطمینان بیشتر به نتایج حاصله می‌باشد(چوکان و واربورتون، 2006). استفاده از اطلاعات مولکولی در مقایسه با خصوصیات مورفولوژیکی برای بررسی روابط فلیوژنی، از چندین مزیت برخوردار است. به عنوان مثال الف) هیچ گونه ارزیابی شخص در تعیین وضعیت صفات دخیل نیست. ب) به دلیل اینکه ساختمان DNA در تمام موجودات زنده از چهار باز نوکلئوتید تشکیل شده است. بنابراین امکان مطالعه مستقیم متنوع‌ترین اشکال حیات وجود دارد. ج) میزان اطلاعات حاصله بسیار زیاده بوده و بدست آوردن این اطلاعات برای گونه‌های مورد نظر در آزمایشگاه، نسبتا ساده است(کومار و هیروچیکا، 2001). نشانگرهای مولکولی به طور فزاینده در تجزیه و تحلیل ژنتیکی گیاه استفاده می‌شود، با توجه به مزایای آشکار خود بر نشانگرهای مورفولوژیک به عنوان مثال چتدشکلی بالا، تعداد باند بیشتر، با ثبات بودن در سرتاسر مراحل رشد گیاه، و حداقل تأثیر محیط بر آنها به عنوان فاکتور موثر برای بررسی تنوع ژنتیکی استفاده می‌شوند ADDIN EN.CITE <EndNote><Cite><Author>Vijayan</Author><Year>2005</Year><RecNum>218</RecNum><record><rec-number>218</rec-number><foreign-keys><key app=”EN” db-id=”2x2ax9xfzsepa0ez9as5vfs8f0vrxx2wzwaw”>218</key></foreign-keys><ref-type name=”Journal Article”>17</ref-type><contributors><authors><author>Kunjupillai Vijayan</author></authors></contributors><titles><title>Inter Simple Sequence Repeat (ISSR)Polymorphism and Its Application in Mulberry Genome Analysis</title></titles><pages>pp. 79~86</pages><dates><year>2005</year></dates><urls></urls></record></Cite></EndNote>(ویجاتان، 2005). این نشانگرها مبتنی بر PCR بوده و تنها به مقادیر کمی DNA نیاز دارند و سنجش آنها نسبتا سریع است. تکنیک‌های مولکولی امکان بررسی ژنتیکی دقیق و بررسی عوامل محیطی تنوع را امکان پذیر می‌سازد و سبب دقت بیشتر در اندازه‌گیری و ارزیابی تنوع ژنتیکی می‌گردد(رضوی‌زاده و احسان‌پور، 1391). علاوه بر این قدرت تبعیض عالی در میان ژنوتیپ‌های مشابه و توانایی گروه‌بندی، گروه‌های هتروتیک بر اساس فاصله ژنتیکی دلیلی دیگر برای استفاده از نشانگرهای مولکولی می‌باشد علاوه بر این تکنولوژی نشانگر مولکولی نقش حیاتی در زیست شناسی گیاهی، از جمله انگشت نگاری DNA، نقشه برداری ژنتیکی، روابط فیلوژنتیک و اصلاح مولکولی دارد( بایر، 2005 و چوکان و واربورتون، 2006). نشانگرهای مولکولی را به دو دسته نشانگرهای پروتئینی و نشانگرهای حاصل از DNA تقسم‌بندی می‌کنند(عبدمیشانی و شاه‌نجات بوشهری،1386).
2-9-2-1 نشانگرهای پروتئینیمطالعه اولیه مولکولی با اهدف طبقه‌بندی با استفاده از نشانگرهای پروتئینی انجام می‌شد. نشانگرهای پروتئینی فرآورده نهایی ژن‌های ساختاری بوده که در واقع بیانگر تنوع موجود در سطح توالی نوکلئوتیدی ژنوم هستند اما از آنجا که محصولات ژن از روی قسمتی از توالی‌های DNA ساخته می‌شوند در برگیرنده همه تغییرات موجود در سطح DNA نیستند و نمی‌توانند نمایند کل‌ ژنوم باشد. یکی از نشانگرهای پروتئینی معمول نشانگرهای آیزوزایمی هستند که چندین دهه است از ‌آنها استفاده می‌شود. آیزوزایم‌های شکل‌های مختلف یک آنزیم‌اند که اغلب تحریک الکتروفورزی متفاوتی دارند که با بسترهای نشاسته‌ای یا پلی‌اکریلامیدی از یکدیگر جدا می‌شوند(چاولا، 2002).
2-9-2-2 نشانگرهای مولکولیDNAتاکنون انواع مختلف نشانگرهای DNA با تفاوت‌های زیاد از نظر تکنیکی و روش تولید، نحوه کابرد، امیتازبندی، تجزیه و تحلیل و تفسیر نتایج به سرعت ابداع و معرفی گردیده‌اند. بدون ترید ابداع و معرفی واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز یا PCR، بیشترین نقش را در توسعه و تکامل نشانگرهای DNA داشته است(گوپتا و همکاران 1999). نشانگرهای مولکولی DNA را در سه گروه، مبتنی بر دورگ‌گیری، مبتی بر PCR و مبتنی بر توالی‌یابی تقسیم‌بندی کرده‌اند. تکنولوژی‌های متعدد نشانگری مبتنی بر DNA برای شناسایی چندشکلی‌ها و سنجش زیر مجموعه‌ای از مقدار کل DNA ژنومی توسعه یافته است(کومار و هیروچیا، 2001).
2-9-2-2-1 نشانگرهای DNA مبتنی بر دورگ‌گیریدر این گروه انگشت‌نگاری الیگونوکئوتیدی،RFLP، RLGS، VNTRS، Minisatellite قرار می‌گیرد.
2-9-2-2-2 نشانگرهای مبتنی بر توالی‌یابیدر این گروه نشانگرهایی مانندEST و SNPقرار می‌گیرد.
2-9-2-2-3 نشانگرهای DNA مبتنی بر واکنش زنجیره‌ای پلیمرازواکنش زنجیره‌ای پلیمراز از زمان شروع، در بسیاری از روش‌های استاندار زیست‌شناسی مولکولی و بیوتکنولوژی انقلاب ایجاد کرده و باعث تولید نشانگرهای مختلفی شده، این نشانگرها که مبتنی بر واکنشPCR هستند، شامل:ISSR ، RAPD، SSR، ,SNP،AFLP، RFLP و غیره می‌باشند(بایر و همکاران2005، چوکان و واربرتون، 2006 و نقوی و قره‌ریاضی، 1388).
از نظر کاربردی نشانگرهای بارز برای استفاده در مطالعات تنوع‌ژنتیکی، همسانه‌سازی مکانی و اشباع سریع نقشه‌های ژنتیکی مناسب‌اند و در مقابل، نشانگرهای هم‌بارز جهت تهیه و افزایش دقت نقشه‌های عمومی برای یک گونه، نقشه‌یابی مقایسه‌ای بین گونه‌ها، نقشه‌یابی جایگاه‌های صفات کمی(QTLS)، تهیه نقشه‌های ژنی و مطالعه ژنتیک جمعیت کاربرد بیشتری دارند(وین،2003). هر کدام از انواع نشانگر‌هایDNA مجموعه‌ای از مزایا و معایب را در وراثت، تکرارپذیری، میزان اطلاعات بدست‌ آمده، میزان پیچیدگی روش و همچنین جنبه‌های اقتصادی از قبیل هزینه و زمان مورد نیاز تا حصول نتیجه‌ نهایی را دارا هستند(روکاسزی و بولیبوک، 2004). از آن رو لازم است که قبل از کاربرد هر کدام سودمندی و کارایی نشانگر سنجیده و ارزیابی شود(کومار و هیروچیکا، 2001). یک نشانگر مناسب بایستی قابل دسترس بوده و تفسیر نتایج آسانی داشته، از تکرارپذیری بالایی برخوردار بوده و به فراوانی مناسب در ژنوم باشد(وین، 2003).
نشانگر RAPD: در این روش از یک آغازگر به طول تقریبی 10 نوکلئوتید برای مطالعات ژنتیکی استفاده می‌شود. این روش معمولا برای برآورد تنوع ژنتیکی بین اعضاء جمعیت‌ها یا گونه‌های بسیار نزدیک به هم استفاده می‌شود. چندشکلی در RAPD بر این اصل استوار است که اگر جایگاه اتصال و هیبرید شدن یک آغازگر در یک ژنوم، حتی یک نوکلئوتید تفاوت داشته یاشد، این تغییر می‌تواند منجر به حذف یک باند و ایجاد چندشکلی شود باندهای بدست آمده به عنوان صفات مستقل و البته با ارزش یکسان در نظر گرفته می‌شود. چندشکلی باندها را می‌توان در قالب سیستم جفتی نمره‌دهی کرد. تکرارپذیر بودن یا نبودن نکته مهم استفاده از این روش است ولی با این وجود RAPD به طور گسترده برای تفکیک گونه‌های نزدیک به هم استفاده شده است(ویلیلمز و همکاران، 1990).

نظرات (0)
امکان ثبت نظر جدید برای این مطلب وجود ندارد.